首先，目前剧情中有两个已经可以基本确定的设定。

1. 萨菲罗斯和爱丽丝都在一定程度上知道'剧本安排的'未来。
2. 克劳德一行人看到的、菲拉想尽一切办法维持的命运，是97年本传的剧本。
这两点应该是毋庸置疑的了，剧情里反复提及，这里就直接把这两点当作已经确定的设定。
先来解决一个新设定“菲拉”的问题，菲拉到底是什么？站在哪一方？他们想做什么？
首先，用最简单最快捷而且绝对不会出理解偏差的方法找一找——打开ENEMY REPORT看一眼菲拉·普拉耶格，也就是集合体菲拉的描述。“‘命运守望者’菲拉的集合体，会阻挡试图改变命运走向的人。与星球命运的所有时间、所有空间相连。”
此外，在宝条实验室里，赤红十三也明确说过菲拉的定义。
-(赤红十三)他们是菲拉，称他们为“命运的守望者”是最贴切的，他们会出现在试图改变命运走向的人面前，修正那个人的行动。
-“命运”是什么？
- 换句话说，就是这个星球从诞生到消失的“走向”。
-你的意思是走向已经确定了吗？
-嗯，星球似乎快耗尽力气了。
(此处巴雷特打断了对话)
……
-(爱丽丝)那个，大家听我说，我们的敌人不是神罗公司。虽然契机是神罗造成，但真正的敌人另有其人。我无论如何都想拯救所有人、拯救星球。
- 你到底知道些什么？
- 我现在就像迷路了一样，越是行动，越是找不到路。每当菲拉碰到我，我的碎片就会掉落。黄花就是路标。
菲拉是命运的守望者，他们的目的就是为了维持97年的原版剧本不变，为此他们要阻碍一切想要改变剧本的人。重制版里炸毁五号魔晄炉的计划里本来没有克劳德，因此菲拉弄伤了杰西让克劳德得以出场；在克劳德爱丽丝两人教堂里躲避神罗士兵逃往阁楼的时候，爱丽丝失足掉了下去，菲拉把她推了上来；萨菲罗斯杀死了巴雷特改变了命运，菲拉又出现在他身边，结果被他一刀劈开；巴雷特本不应该死，于是菲拉复活了他。菲拉本身没有站在任何一方也没有帮助任何一方，他们的目的就是为了维持命运不变。菲拉不会帮助克劳德、神罗或是萨菲罗斯任何一方。
而之所以说主角团在第十八章里打的三位菲拉就是未来的自己，其实游戏中也有明确说过。继续打开ENEMY REPORT。
菲拉·罗瑟：从未来命运中抽出并具象化的存在，挥舞着剑想要守护创造自己的未来。
菲拉·费迪：从未来命运中抽出并具象化的存在，施展体术来守护创造自己的未来。
菲拉·贾罗：从未来命运中抽出并具象化的存在，操纵枪械来守护创造自己的未来。
这样一看就很清楚了，倒数第二场的BOSS战，其实就是现在的主角团五人组对抗未来的自己。
在打菲拉的途中，每把菲拉·普拉耶格打到下一个阶段，五人都会看到一段预示未来的场景。97年本传最后赤红十三奔跑向残破的米德加、萨菲罗斯召唤陨石撞向星球、本传萨菲罗斯和克劳德的最终战、白魔石掉落、爱丽丝死亡。这些片段是谁给他们看的？再看一遍菲拉集合体的描述——“‘命运守望者’菲拉的集合体，会阻挡试图改变命运走向的人。与星球命运的所有时间、所有空间相连。”
每次闪回开始前都会有lifestream流出的特征，可以理解成与星球密切相连的菲拉在遭受主角团重创之后开始放送一些破碎的记忆片段。
在菲拉首次放送未来片段(赤红十三跑向残破的米德加)时，有一段有趣的对话。
-(巴雷特)刚才那是什么？
-(赤红十三)是我们即将抛下的景色。
所以说，打败菲拉其实就是打破了97年的剧本，接下来的一切都需要主角们自己去塑造，是好是坏都是未知数，萨菲罗斯胜利、毁灭星球也不是不可能。
第二个问题关于重制版中对未来有知晓的爱丽丝。爱丽丝到底知道多少？她想做什么？
首先，可以明确一点：爱丽丝在一定程度上知道未来会发生什么。要不然她也不会在第十八章说要阻止萨菲罗斯，更不会在梦中告诉克劳德让他不要爱上自己，以免再度陷入97年本传的悲剧。
然而，从游戏中的小细节里可以看出，爱丽丝的认知是有逐步递进的过程的。她并不是一开始就像萨菲罗斯那样拿好了剧本。
在剧情中，菲拉第一次出场是在爱丽丝送给克劳德花之后，并且这段爱丽丝有一句台词“这是什么？”，可以推断出，这也是她第一次看见菲拉，并且，那时候她是不知道这种生物的。然而在神罗总部宝条的实验基地里，她已经知道了菲拉的来源和意义，并告诉了赤红十三，后者再告诉了其他人。
以及第八章的extra任务“与花对话”，爱丽丝在做完支线回家之前会有一段花田的场景，而这里也有一段对白。
-(克劳德)花说了什么？
-(爱丽丝)它说辛苦了。骗你的，我什么也没听到，不过……不，没什么，反正说了你也不会相信。
-或许吧。但我不介意听你说说。
-真的吗？
-嗯。
-感觉就差一点点了，花朵们似乎想说些什么，似乎有什么事情要告诉我。我总有这种感觉。偏偏好像少了什么，差一点点就能传达给我了。总是这样，因此，我打算放弃了。
-我倒觉得你看起来不像要放弃的样子。
-那是因为我今天特别努力。
-今天特别做了什么吗？
-(笑)好，我们走吧。
到底是什么事情让爱丽丝觉得即便自己说了，克劳德也不会相信？看这一段，在宝条实验室里，爱丽丝提起自己是古代中，巴雷特说了一句“我们生于星球，与星球对话，开拓星球”，爱丽丝回答“你好厉害！”跟爱丽丝对话的表面上是花朵，实际上就是星球。
而“花朵们似乎想说些什么，似乎有什么事情要告诉我。我总有这种感觉。偏偏好像少了什么，差一点点就能传达给我了”这又是什么意思呢？结合一开始爱丽丝不知道菲拉是什么、但在宝条实验室里却能准确说出菲拉的含义来看，爱丽丝的信息获取是随着时间线的推移慢慢递进的。
为什么在最终战之前爱丽丝要拦住克劳德？她想要做什么？
首先看一下这段剧情。
萨菲罗斯劈开了菲拉，在其中创造出一个通道走了，爱丽丝伸手分开了挡道的菲拉净化了通道，通道变成了白色烟团，主角团通过了这个通道，迎战象征未来三人组的菲拉。
- 这一刻就是岔路，是命运的分歧点。
- 为什么拦住我？
- 为什么吗……
- 另一边有什么？
- 自由。但自由是很可怕的，你听到了星球的哀号吧。那是过去人们的声音，循环于星球的生命的呐喊。
- 是萨菲罗斯造成的吧？
- 嗯，他根本不在乎这些哀号。平凡却无可取代的日子、喜悦及幸福，肯定也不悲他放在眼里。即使失去重要的人，也不会痛苦和悲号。萨菲罗斯只在乎星球和他自己，为了守护这两者，他什么都做得出来。那样是错的。星球真正的敌人是萨菲罗斯。所以我想阻止，希望克劳德……希望大家可以帮忙，只要我们并肩作战，一定能办得到。不过……这道墙是命运的阻碍，一旦进去……跨越了这道墙……大家都会改变。所以……抱歉，拦住了你。
-(克劳德)不必迷惘，一起打倒萨菲罗斯吧。
……
-(赤红十三)这是命运最后的要塞，不可能轻松通过的。
所以说，爱丽丝的目的已经很明确了——萨菲罗斯在通道的背后，如果主角团想要在此时此地打败他，阻止一切悲剧发生，那就得通过命运的墙。赤红十三的话里说明，作为命运的最终要塞，要通过它、找到萨菲罗斯就得打败命运(菲拉·普拉耶格和象征未来克劳德、巴雷特、蒂法的剑、枪、拳菲拉)。然而，“一旦进去……跨越了这道墙……大家都会改变”，而爱丽丝担忧原定剧情变动、没有了菲拉维护剧本之后，“自由是很可怕的”，萨菲罗斯将不受菲拉的阻碍，不一定会再像97年原版那样最终落败。这是萨菲罗斯想要改变的方向，也是她最不愿意看到的剧情。
所以，实际上，萨菲罗斯给爱丽丝了两种选择：现在对未来一无所知的其他人想要冲过命运墙打败萨菲罗斯，顺便也会毁灭“命运守护者”菲拉；而爱丽丝则是唯一一个知道97年本传剧本、知道最后自己会死、萨菲罗斯会被其他人合力打败的人。而实现97年本传的剧本就需要菲拉来维护命运。一开始她拦住了克劳德，就是不想让其他人毁灭菲拉、毁灭这个97年星球得以幸存的好结局。
为什么可以得出“爱丽丝更偏向于97年本传结局”这个结论？梦中与克劳德对话那一段，爱丽丝已经接受了自己会死这个既定事实，让克劳德不要爱上她也是希望克劳德不要重蹈当年的悲剧。在爱丽丝看来，接受命运选择自己死亡的结局，也比把命运全盘颠覆、让萨菲罗斯有胜利的机会来得好。因此她不愿意告诉克劳德未来会发生的事，就是希望克劳德不要为了自己能活下来而改变命运。
然而对未来只有几个爱丽丝死亡片段印象的克劳德当然不知道萨菲罗斯改变命运的阴谋，因此在听到爱丽丝“星球真正的敌人是萨菲罗斯。所以我想阻止，希望克劳德……希望大家可以帮忙，只要我们并肩作战，一定能办得到”这番话之后就很直接地认为爱丽丝的意思就是要越过命运墙打败萨菲罗斯了，OK，玩家也没法选择，只能走打败菲拉、改写命运这条路。
所以本质上，萨菲罗斯这一手套路很深。借克劳德一行人不知道剧本、爱丽丝也没法跟他们说清楚剧本的缘由，让他们打败菲拉，自己不用亲自出马就能把碍事的菲拉和本传里自己必败的剧本清除掉。剧情也的确朝他想要的方向发展了。

萨菲罗斯为什么要多次出场？是剧情必要还是Nomura乱加戏？
首先明确一点：无论这个萨菲罗斯是不是二周目玩家、是不是穿越过来的，现在他已经知道97年的剧情了。关于这点我就不详细说了，从第一次在爱丽丝身边闪现时的“你无法守护任何人，连自己都守护不了”到结局CG的“我们的星球似乎会成为那个的一部分”，很明显他已经知道了剧情和后续发展。
然后问题就来了，为什么他要频繁出场？97年的时候米德加里他只在杀死神罗总裁的时候出场了一次，这次为什么要有这么多戏份？这次萨菲罗斯的实体出场是在宝条实验室，而在此之前全部都是克劳德的幻觉。所以，为什么他要给克劳德这么多幻觉？
我个人认为这绝不是单纯的精神施压。一方面，萨菲罗斯反复向克劳德提及爱丽丝死亡的场景，在第一次与爱丽丝见面时就出现在爱丽丝身旁表示“你无法守护任何人”，教堂里给克劳德显示白魔石坠落的场景并且后续该场景多次出现等等，就是为了告诉克劳德爱丽丝会死这个事实。而97年本传最后星球胜利的一个关键点，就是爱丽丝的意识推动生命之流对抗陨石，如果没有了'爱丽丝在生命之流里'这个条件，那萨菲罗斯就有了胜算。而作为对未来一无所知的克劳德，在反复看到爱丽丝死亡的场景之后，想到的一定是要阻止这件事发生，正中萨菲罗斯下怀。
另一方面，萨菲罗斯反复出现在克劳德的幻觉中，并且特意塑造一个完全对立面的形象(没人会觉得他的多次精神施压是为了改善自己在克劳德眼中的形象吧)，目的是为了确保第十八章里克劳德会出于对萨菲罗斯的痛恨而做出“现在就得打败萨菲罗斯”的决定。萨菲罗斯也在幻觉中对克劳德说过“别反抗命运”，目的就是为了让他往反抗命运、毁灭菲拉的方向走，要不然如果克劳德第十八章觉得“自由的确是很可怕的，还是跟着命运走好了，爱丽丝说得对，菲拉还救了巴雷特呢”就没有穿过命运墙，那他就前功尽弃了。
第一章结尾两人最终决战时，萨菲罗斯已经打掉克劳德的剑了，为什么不杀掉他？说需要帮助是想干嘛？
先来回顾一下这段对话。
-(萨菲罗斯)小心，那前面还不存在。我们的星球似乎会成为那个的一部分。我不想消失，也不想消灭你。
-(克劳德)这里是？
-世界的尽头。我需要你的力量，克劳德。跟我一起对抗命运吧？
-我拒绝。
(打斗画面，最后克劳德的剑被打飞)
-(萨菲罗斯)现在是末日的前7秒。不过，一切还来得及。未来正掌握在你的手中，克劳德……
这个想要帮助肯定不是字面意义上的想要帮助，就像97年本传里他管克劳德叫好孩子并不是真的认为克劳德是好孩子一样。实质上，他的确得到了克劳德的帮助——借克劳德之手消灭了阻碍自己改变命运的菲拉，接下来他还要借克劳德之手让爱丽丝没法对抗陨石。提前透露爱丽丝死亡的剧情看似好意，但在不知道剧本的克劳德眼里明显很糟糕。再结合赤红十三跑向残破的米德加的画面来看，克劳德很容易就会认为97年的结局是萨菲罗斯最终胜利、星球毁灭，命运急需改变。现在克劳德面临两个选择：不改变命运，沿着97年的剧本走，那根据剧本爱丽丝活不下来，但他不知道残破的米德加是好结局，自己最终能打败萨菲罗斯；改变命运，爱丽丝有可能活下来，但菲拉一死无人维护剧本，萨菲罗斯也有了胜算。
而萨菲罗斯无疑是想要后一种选择，因此才会说出“一起对抗命运吧”这种话。而身为不知道后续剧情，只知道爱丽丝死亡、白魔石掉落、陨石撞星球、米德加变荒原这几个片段的克劳德来说，无疑是改变命运来得好。这样一来，没有了爱丽丝在lifestream里阻碍陨石，萨菲罗斯的胜算就更大了。
而重点在于，从头至尾萨菲罗斯都是在充当一个反面角色，克劳德也是自认为一直在想方设法阻止萨菲罗斯，从毁灭菲拉到后面可能的救爱丽丝都是为了反抗克劳德眼中那个星球毁灭的坏命运，而这也正好是萨菲罗斯想达成的目的。

总结一下就是，如今7R的时间线里出现了'知道未来剧情'的二周目萨菲罗斯，知道未来的萨菲罗斯想要改变自己必败的既定事实，因此他频繁出场多次给克劳德爱丽丝死亡、白魔石掉落的暗示，目的就是为了欺骗克劳德“命运”所定的结局是个坏结局，让一行人想要改变命运，改变萨菲罗斯必败的事实。“命运的守门人”菲拉跟随萨菲罗斯自未来而来，目的是为了阻止他、阻止一切想要改变命运的行为，相当于中立方。而萨菲罗斯的第一步已经达成，克劳德杀死了守护命运的菲拉，正中他的下怀。
爱丽丝已经知道后续会发生什么了，所以她说萨菲罗斯只关心他自己和星球，要阻止萨菲罗斯。现在克劳德面临两个选择：不改变命运，沿着97年的剧本走，那根据剧本爱丽丝活不下来，但他不知道残破的米德加是好结局，自己最终能打败萨菲罗斯；改变命运，爱丽丝有可能活下来，但菲拉一死无人维护剧本，萨菲罗斯也有了胜算。目前埋下的伏笔其实是萨菲罗斯为了欺骗克劳德设下的局。
最后，非常感谢reddit上的Metsys1大佬提供的中心思路，是在看了他的分析之后才慢慢理解了一些剧情。再搬运一下大佬的原文。
There is a future sephiroth and a present sephiroth. Present sephiroth is dead and in the northren crater. Future sephiroth wants to change shit, but he cant because of watchmen of fate, spirits that want to keep the events just like that, and they were probably even following future sephiroth to the past to stop him. Im sure ive seen this concept before in soul reaver, where monsters attack raziel when hes travellin around time and messing with it.

Sephiroth wants to change things but he cant, so he tricks the party into thinking that watchmen of fate are bad and that if they dont change fate, they will get a bad ending (showing that red XIII scene where he gets to a destroyed midgar. They assume this is the bad ending, when in reality it is the good). The party defeats the the spirits and now they have to face sephiroth, because since theres no spirits, he can do whatever you want. Cloud defeats future sephiroth and shit is, for now, restored. Now the party knows that something is up with sephiroth, so they leave midgar to find present sephiroth and try to change fate on stuff. They dont know what is gonna happen.

Thats it.

My theory is that sephiroth also shows all this scenes to Cloud to prevent Aeris from dying. With aeris not dying she cant have access to the lifestream, therefore meteor should win. Probably the new objective is to take her holy materia and not to kill her.

I dont know about you, but i firmly think that this part was about future sephiroth + watchmen of fate, while the next parts will purely be present sephiroth and jenova like the normal OG, with the potential of fate changing.